Съдържание
- Как действа електрофорезата на гел
- Основна процедура за електрофореза
- Определяне на дължини на неизвестни фрагменти
Когато става въпрос за измерване на дължината на фрагментите на ДНК, които са много по-малки от клетките, микробиолозите се нуждаят от трик, а най-удобният е гел електрофорезата. Този метод разчита на факта, че ДНК фрагментите са заредени и той е алтернатива на по-скъпите методи, като например рентгеновата кристалография, която е отговорна за откриването на структурата на ДНК с двойна спирала.
Как действа електрофорезата на гел
Тъй като молекулите на ДНК са заредени, те се влияят от електрически ток. Когато ги настроите в неутрален гел и поставите ток през гела, молекулите мигрират към положителния електрод (анод). Тъй като молекулите на ДНК с различни размери носят един и същ заряд, по-малките пътуват по-бързо, така че този процес разделя молекулите на ленти, които могат да бъдат сравнени с проби с известни размери.
Основна процедура за електрофореза
Гелът обикновено се произвежда от агароза, полизахарид, който при нагряване в буферен разтвор образува полутвърд, леко порест гел. В единия край гелът образува малки вдлъбнатини, наречени ямки, където изследователят поставя изследваните ДНК проби, заедно с референтни проби с известна дължина, наречени ДНК стълба. Дължините на фрагментите на стълбата са предварително определени чрез друг метод, като например рентгенова кристалография.
Когато гелът се потопи в проводящ разтвор и се прилага напрежение, фрагментите започват да мигрират през гела - първо по-малките и по-големите, по-бавните отзад. В крайна сметка те се оформят в спектровидни ленти според размера.
След като това се случи, изследователят изключва захранването, влива гела с DVA-свързващо багрило и изследва образците под ултравиолетова светлина. Използвайки стълбата като ориентир, изследователят може да определи размера на всеки от фрагментите във видима лента. Виждат се само ленти - отделните фрагменти на ДНК са твърде малки, за да се видят.
Определяне на дължини на неизвестни фрагменти
Вероятно не е всяка лента в извадка да се сравни с лента на стълбата, така че за да определят размерите на тези неизвестни фрагменти, учените обикновено начертават графика. На оста x е разстоянието, изминато от всяка лента в стълбата в милиметри, докато на оста y е размерът на всяка лента. Когато точките са свързани с крива, размерът на която и да е лента може да бъде екстраполиран от кривата след измерване на изминатото разстояние от тази лента в милиметри.