Съдържание
Гел електрофорезата е техника, която позволява да се анализира ДНК на нивото на съставните му молекули. При този метод за визуализация на ДНК пробите се поставят върху агарозна гелова среда и електрическо поле се прилага към гела. Това кара фрагменти от ДНК да мигрират през гела с различна скорост в съответствие с техните електрохимични свойства.
Етидиев бромид
За тази техника на визуализация етидиев бромид се смесва с агарозен прах, EDTA буфер и вода, за да се образува гел матрицата преди електрофореза. В резултат молекулите на етидиев бромид стават равномерно диспергирани в матрицата. След като геловите ямки се напълнят със съответните им ДНК проби и проследяващи бои, се прилага напрежение за бавно изтегляне на големите, полярни съединения през матрицата.
По време на това движение основите на молекулите на ДНК временно се свързват с частиците благодарение на заряда на етидиев бромид, като ги влачат по себе си. Докато приключи гел електрофорезата, всяка молекула на ДНК е събрала значително количество етидиев бромид.
В присъствието на ултравиолетова светлина етидиев бромид проявява флуоресценция. Техниците блестят специално калибрирана UV светлина през гела, докато машина заснема картината на светещите фрагменти.
Метиленово синьо
Ако няма наличен UV-трансилуминатор или е практичен, техниците могат да направят ДНК видима при нормално състояние чрез накисване на готовия агарозен гел с електрофорезирана ДНК вътре в разтвор на метиленово синьо за една нощ.
Хлоридна сол със значително хидрофобен анион, метиленово сини молекули проникват през цялата гел матрица. Обаче водородната връзка в цялата ДНК причинява натрупването на молекулите на петна. Тази увеличена плътност на оцветяване на ДНК дава по-дълбок нюанс на синьото, видимо с просто око.
Проследяващи багрила
Отвъд относителния размер на ДНК лентите, техниците могат да измерват абсолютния размер (в двойки основи) на всеки фрагмент, използвайки химикали, наречени проследяващи бои. Видими без добавяне на метиленово синьо или етидиев бромид, проследяващите бои като бромофенол синьо и ксилол цианол се движат през матриците на арагозния гел по време на електрофореза със същата скорост като ДНК фрагменти, състоящи се съответно от 300 нуклеотида и 4000 нуклеотиди. При електрофорезата по-масивните ДНК фрагменти пътуват през гел матрицата с по-ниска скорост от по-малките фрагменти. Следователно, докато проследяващите оцветители не влияят пряко върху видимостта на ДНК фрагменти, сравняването на позицията на ДНК фрагмент в гела с позицията на тези багрила позволяват на техниците да "видят" приблизителния брой нуклеотиди, които ДНК фрагментът съдържа.